1948 жылдың желтоқсан айында КСРО Денсаулық сақтау министрлігінің бұйрығымен (09.12.1948 ж. № 739) карантиндік және зооноздық инфекциялардың таралуына, алдын алуға және ескертуге іргелі және қолданбалы зерттеулер жүргізу үшін Алматы обаға қарсы күрес станциясының (ОҚКС) базасында Орта Азиялық обаға қарсы күрес ғылыми-зерттеу институты (ОАОҚКҒЗИ) ұйымдастырылды.

КСРО Денсаулық сақтау министрлігінің карантиндік инфекцияларының Бас басқармасына тікелей бағынған және эпидемияға қарсы күрестің мамандандырылған қызметі болған институт ХХ ғасырдың 60 жылдары Орталық Азия мен Қазақстандағы обаға қарсы күресудегі қызметтің барлық дерлік (Түркмен СРО қоспағанда)  әдістемелік орталығы болды.  

        1949 жылдан 1991 жылға дейін орталық «Орта Азиялық обаға қарсы ғы-лыми-зерттеу институты» деп аталды.

       1991 жылы республиканың обаға қарсы күрес қызметі Қазақстан Республикасының (ҚР ДСМ) Денсаулық сақтау министрлігінің қарамағына өтті. 1992 жылдың қаңтарында Орта Азиялық обаға қарсы институты ҚР ДСМ Қазақ обаға қарсы күрес ғылыми-зерттеу институты (ҚОҚКҒЗИ) болып ауыстырылды, ал 2001 жылы ҚОҚКҒЗИ «Масғұт Айқымбаев атындағы Қазақ карантиндік және зооноздық инфекциялар ғылыми орталығы» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны (ҚКжЗИҒО РМҚК) деп өзгертілді.

       Қазіргі уақытта ҚКЗИҒО - Қазақстан Республикасының обаға қарсы күрес жүйесінің кеңестік және әдістемелік орталығы Қазақстан Республикасы Ұлттық экономика министрлігі Тұтынушылардың құқықтарын қорғау комитетінің 9 обаға қарсы күрес станцияларымен бірлесіп жұмыс істейді.