1. 1.Елбасының тапсырған актілерді орындау, Мемлекеттік бағдарламаларда ескерілген іс-шаралар.
  2. 2.Бактериальді және вирусты этиологиялы карантиндік және табиғи-ошақты жұқпаларды ғылыми-дәлелденген эпидемиологиялық және эпизоотологиялық бақылауды ұйымдастыру және жүргізу, өзінің өндірістік жұмысында қауіпті биологиялық патогендерді пайдаланатын нысандардың биологиялық қорғаныс пен биоқауіпсіздігін күшейту.
  3. 3.Іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулерді зерттеулер тұрғындар мен оны қоршаған ортаны қауіпті биологиялық агенттерден қорғау мақсатында және олардың әсер ету деңгейін заманауи құралдарды ендіру арқылы төмендету. Олар қауіпті биологиялық факторларды және Қазақстан Республикасының ауманғында тұтынушылардың құқықтарын қорғау саласында төтенше жағдайларды тудыратын жұқпалы аурулардың еніп және таралуынан санитарлық қорғауды ескере отырып өңдеу және ғылыми зерттеулердің нәтижелерін тәжірибелік денсаулық сақтауға ендіру.
  4. 4.Оба, сібір жарасы, туляремия, бруцеллез және басқа да аса қауіпті және зооноздық жұқпаларды ГАЖ-технологиялары және микробиологиялық бақылаудың мемлекеттік стандарттары негізінде эпидемиологиялық және эпизоотологиялық бақылау жүйесіне инновациялық технологиялырды өңдеу және ендіру, аса қауіпті патогендерді сақтау және тасымалдау.          
  5. 5.Арнайы кадрларды дайындау.
  6. 6.Медициналық иммунобиологиялық препараттарды өңдеу және өндіру.

Қазақстан Республикасында халықтың санитарлық-эпидемиологиялық салауаттылығын қамтамасыз ету мақсатында ғылыми-дәлелденген алдын-алу және эпидемияға қарсы іс-шаралар өңделген және іске асырылуда, олар жұқпалы аурулар деңгейін төмендетуге, және де аса қауіпті жұқпалы ауралардың шетелден еніп және таралуынан сақтау, сонымен қатар – биологиялық биоқауіпсіздік әдістері мен биотерроризм актілеріне қарсы әрекеттердің жетілмеуі.

Мемлекет халқының санитарлық-эпидемиологиялық салауаттылығын қамтамасыз етуде Заң шығарушы база ретінде ҚР Конституциясы болып табылады, «2009 жылғы 18 қыркүйектен № 193-IVI халық денсаулығы мен денсаулық сақтау саласы туралы, ол келесі бөлімдерден тұрады:

-    мемлекеттік санитарлық-эпидемиологиялық қадағалау

-    санитарлық-эпидемиологиялық сараптама

-    мемлекеттік санитарлық-эпидемиологиялық нормалау 

-    санитарлық-эпидемиологиялық талаптар

-    санитарлық-эпидемиологиялық бақылау

- санитарлық-эпидемиологиялық және санитарлық-профилактикалық іс-шаралар
          -   Қазақстан Республикасының аумағын санитарлық қорғау 

-   жұқпалы аурулар эпидемиясының пайда болу қауіпі кезінде, шектеу іс-шаралары, сонымен қатар карантин енгізу талаптары

 

ҚКЗИҒО жұмысының негізгі бағыттары аса қауіпті, және карантиндік ауруларға профилактикалық және эпидемияға қарсы іс-шаралармен байланысты, халықтың эпидемиолгиялық салауаттылығын қамтамасыз етуге бағытталған. 

Қазақстан Республикасының аумағын санитарлық қорғау

Қазақстан мен Кедендік одақ елдерінде Халықаралық медико-санитарлық ережелер (2005 ж.) өңделіп пайдалануда, ол қоғамдық денсаулық сақтау саласында төтенше жағдайлардың алдын алу және жауап беру шараларына негізгі ұлттық дайындық құжаты болып табылады.

2015 жылғы 18 ақпаннан Қазақстан Республикасы ұлттық экономика Министрі № 107 «Кедендік одақтың кедендік шекарасына сәйкес Қазақстан Республикасының Мемлекеттік шекарасында жұқпалы және паразитарлық аурулардың енуі мен таралуын санитарлық-карантиндік бақылау, және Қазақстан Республикасының шекарасы мен аумағын санитарлық қорғауды қамтамасыз ету Қағидаларын Бекіту туралы» Бұйрығының талаптарына сай.

ҚР ҰЭМ ТҚҚ Комитетінің органдары мен ұйымдарына  кеңестік-әдістемелік және тәжірибелік көмек көрсету

Қазақстан Республикасының Бас Мемлекеттік санитарлық дәрігерінің 2015 жылғы 27 қарашасынан № 20 – 21 Қаулысына сәйкес ҚКЗИҒО оба мен тырысқаққа эпидемиологиялық, эпизоотологиялық және зертханалық бақылау бойынша ұлттық орталық болып табылады, сонымен қатар Комитеттің органдары мен ұйымдарына және оба мен тырысқақ кезінде эпидемиология, зертханалық балау, клиникасы, емдеу және санитарлық-алдын алу және санитарлық-эпидемияға қарсы іс шаралар жүргізу бойынша басқа да медициналық ұйымдарына тәжірибелік және кеңестік-әдістемелік көмек көрсетеді, және де биологиялық биоқауіпсіздік халықаралық стандарттарды ұстану.